Ликвидация Республики Алаш, завершившаяся в 1920 году, имела свое трагическое продолжение: все деятели «Алаш» стали жертвами массовых репрессий, несмотря на объявленную большевиками в апреле 1919 года амнистию.

В частности, Президиум ВЦИК РСФСР на заседании 6-го созыва от 4 апреля 1919 года принял постановление «Об обеспечении личной неприкосновенности известных деятелей из казахов, боровшихся против советской власти, не исключая группы Букейханова, боровшейся с оружием в руках против советской власти».
Кроме того, 1-я армия Реввоенсовета Туркестанского фронта в соответствии с руководящими указаниями ВЦИК РСФСР издала приказ за № 387 от 8 августа 1920 года о применении амнистии в отношении казахского населения Астраханской, Оренбургской, Уральской и Тургайской областей, сражавшихся против советской власти. Но КазВРК на заседании от 5 марта 1920 года при попустительстве Президиума ВЦИК РСФСР вопреки его постановлению принимает следующее решение: «Ответственных руководителей Западного отдела национального правительства Алаш Орда впредь до более прочного устройства Советской власти в КазКрае изолировать от казахских трудовых масс; из прибывших ответственных работников отправить в Москву или другие города центральных губерний Джаншу Досмухамедова, Халиля Досмухамедова, Ису Кашкинбаева, Карима Джаленова и Беркиналия Атчибаева».
Карательно-репрессивная политика большевиков в Казахстане, ярко проявившаяся с первых же ее шагов в пределах границ Республики Алаш, не ограничилась изоляцией руководителей Западного отдела Алаш Орды. В январе 1920 года в Семипалатинской области 59-й дивизией Реввоенсовета Сибревкома была арестована большая группа членов правительства Алаш Орды и видных деятелей «Алаш» во главе с Алиханом Букейхановым – всего около 30 человек. Их освободили лишь в мае 1920 года после ряда ультимативных требований Семипалатинского ОблВРК от имени 800-тысячного казахского населения Семипалатинского края, а также требования КазВРК.
Как следует из вышеизложенных фактов, центральная советская власть и ее администрация в Казахстане в лице
Кироблкома – Казкрайкома ВКП(б) свою репрессивную политику в отношении высшего руководства Республики Алаш – членов Алаш Орды и партии «Алаш» – начали практически с первых дней оккупации национальной республики. Вот что тогда писал заместитель председателя ОГПУ Генрих Ягода в письме Иосифу Сталину: «В 1922 г. было признано, что пребывание Букейханова в Казакстане затрудняет нормальный ход сов. и парт. строительства Республики, ввиду чего он был выслан в Москву. За время пребывания в высылке Букейханов ни на одну йоту не отступил от своих прежних принципиальных позиций. Ряд документов, через которые красной нитью проходит линия Букейханова на разжигание национальной розни, на «освобождение» от руководства Москвы, называемого им «колонизаторством», на противодействие практическим мероприятиям Партии в Казакстане это доказывает».
Следует уточнить, что Алихан Букейханов был арестован в октябре 1922 года в Каркаралы вместе со своими соратниками по партии и Совету Алаш Орды Миржакипом Дулатовым и Жакыпом Акпаевым, а Раимжану Марсекову тогда удалось бежать в Китай. Этим арестом большевики, по их же выражению, ликвидировали «группу Букейханова, боровшуюся с оружием в руках против Советской власти». После доставки их под конвоем в Оренбург Миржакип Дулатов и Жакып Акпаев были освобождены, а Алихан Букейханов выслан в Москву.
Кроме того, большевики уже заранее планировали ликвидацию группы деятелей «Алаш» в Ташкенте (1924 г.) и Кзыл-Орде (1925–1927 гг.). Отметим, что к «разоблачению» в контрреволюционной деятельности, преследованию и репрессиям членов партии «Алаш», бывших комиссаров Совета Алаш Орды, а также их сторонников из числа казахских советских руководителей активно включились и первые казахские большевики. Начало их активной борьбы против лидеров «Алаш», особенно их служебные записки и письма, откровенные доносы с голословными обвинениями алашординцев в «буржуазном национализме» и, главное, с настойчивой просьбой «прислать из Центра (Москвы)... для руководства политической работы лицо, марксистски подготовленное» послужили веским аргументом для Иосифа Сталина направить в 1925 году на пост I секретаря Казкрайкома ВКП(б) Филиппа Голощекина. С его приходом в Казахстан преследование деятелей «Алаш» и их сторонников резко усилилось.
Получив от Кремля полную свободу действий, Голощекин начал свою политику «Малого Октября» с удаления из партии и правительства сочувствующих алашординцам казахских большевиков. Султанбек Ходжанов, с ноября 1924 года занимавший пост ІІ секретаря Казобкома, с февраля 1925 года – Казкрайкома РКП(б), уже в ноябре был отозван в ЦК ВКП(б) и был направлен на Кавказ. Жалау Мынбаев, с мая 1925 года возглавлявший КазЦИК, в 1927 году был снят с должности и назначен главой исполкома Гурьевского округа. Смагул Садвакасов – с мая 1925 года нарком просвещения КазАССР – с приходом Голощекина был отстранен от должности, а в 1928 году был зачислен студентом Московского института инженеров транспорта. Ныгмет Нурмаков, с мая 1925 года занимавший пост главы СНК КазАССР, в 1929 году был отозван в Москву на учебу в Коммунистическом университете при ЦК ВКП(б).
Параллельно этому подвергся гонениям и лидер «Алаш» Алихан Букейханов, несмотря на то что с декабря 1922 года находился в Москве. В 1926 году по его предложению Особый комитет АН СССР снарядил научную экспедицию по комплексному исследованию Казахской АССР. Сам Букейханов, будучи членом этого комитета на правах постоянного эксперта, в 1926 году лично участвовал в работе экспедиции в Адайском уезде. По завершении работы экспедиции он посетил Кзыл-Орду с целью обсудить с руководством КазАССР необходимость открытия первого музея национальной истории с древнейших времен до современности. Но по возвращении в Актобе, где его ожидал коллектив научной экспедиции АН СССР, Алихан Букейханов был арестован и заключен в московскую тюрьму «Бутырка». Выяснилось, что он был арестован согласно донесению Ягоды: «Наблюдения наши за деятельностью Букейхана (Букейханов) в этот период установили ряд фактов развернутой антисоветской агитации Букейхана в Казакстане. Букейхан разжигал вражду казаков к русским поселенцам; агитировал население более решительно выступить против переселения русских в Казакстан; доказывал «неправильность» политики Соввласти в вопросах землепользования, невозможность перехода через кооперацию к социализму в условиях Казакстана. Все эти свои рассуждения он развивал среди членов экспедиции – казакских учащихся и среди работников Казакстана, которые совершали в стоянку экспедиции форменное паломничество. В связи с этим в 1926 г. в сентябре Букейхан, с согласия Казкрайкома ВКП(б), был выдворен из Казакстана в Москву».
В этом докладе Ягода также отмечает, что «в последнее время Букейхан усиленно добивается выезда в Казакстан», что «материалы ОГПУ связывают эти попытки Букейхана с определенными настроениями в Казакстане, идущими по линии большего сплачивания всех антисоветских и антипартийных сил в Казакстане против советской власти».
Из документа следует, что в Казкрайкоме «не возражали против временного выезда его в Кзыл-Орду». В связи с чем Ягода предлагает Сталину «не разрешать Букейхану выезд в Казакстан» или «отложить разрешение этого вопроса до ближайшего приезда т. Голощекина, и тогда с ним лично переговорить», предостерегая вождя большевистской партии от «могущих возникнуть из факта пребывания Букейхана в Казакстане опасностях». В итоге лидеру «Алаш» не позволили вернуться на родину из Москвы, где под неусыпным наблюдением ОГПУ он провел 15 лет своей жизни – с 1922 по 1937 год.
«Массовая охота» на его соратников и единомышленников по партии «Алаш» и Совету Алаш Орды началась с октября 1928 года. Первым был арестован и привлечен к следствию Халел Габбасов – физик-математик, бывший член Совета Алаш Орды, действующий член Коллегии наркомата планирования
КазАССР. Это он в марте-апреле 1918 года от имени главы Алаш Орды Алихана Букейханова провел переговоры с Иосифом Сталиным по прямой телефонной линии о взаимном признании и союзе. В январе 1929 года к следствию были привлечены Газымбек Беремжанов, Хайретдин Болганбаев, Мирзагазы Испулов, а в мае были арестованы Жусипбек Аймауытов, Дихан Адилев, в июле – Магжан Жумабаев и другие. К концу 1929-го и началу 1930 годов в Казахстане были арестованы, доставлены в Москву и заключены в тюрьму «Бутырка» 44 человека во главе с Ахметом Байтурсынулы.
Между тем заседание коллегии ОГПУ от 8 января 1931 года аннулировало свое же постановление от 4 апреля 1930 года в отношении Газымбека Беремжанова, Мирзагазы Испулова, Миржакипа Дулатова и Ахмета Байтурсынулы, приговоренных к смертной казни. Ахмет Байтурсынулы был выслан в Архангельскую область, Миржакип Дулатов – отправлен в концлагерь СЛОН (Соловецкий лагерь особого назначения), Беремжанов – отправлен на строительство Беломорканала в Медвежьегорск (Карелия).
В августе 1930 года было возбуждено новое следственное дело № 2370 по обвинению бывших руководителей и членов Совета Алаш Орды и партии «Алаш» Мухамеджана Тынышпаева, Халела Досмухамедова, Жанши Досмухамедова, Алимхана Ермекова и других. Всего было арестовано 20 человек.
Следствие по делу 20 деятелей «Алаш» и бывших членов Совета Алаш Орды продолжалось в Алма-Ате с 4 августа 1930 года по 15 сентября 1931 года. Массовому политическому преследованию и репрессиям подверглись также их единомышленники и сочувствующие из числа казахских советских партийно-правительственных руководителей. С лета 1937 года они обрели невиданный широкий размах, жестокость и неотвратимый характер.
Накануне приказа НКВД за № 00447, 16 июля 1937 года, был арестован Султанбек Ходжанов, 26 июля в Москве арестован Алихан Букейханов, вслед за ним – бывший глава СНК КазАССР Ныгмет Нурмаков, бывший первый полпред СССР в Саудовской Аравии Назир Торекулов и другие. Осужденные в 1930–1932 годах, но уже вернувшиеся в Казахстан Мухамеджан Тынышпаев, Ахмет Байтурсынулы, Айдархан Турлубаев, Жанша и Халел Досмухамедовы, Алимхан Ермеков и другие, в 1938 году были снова арестованы. К этому времени уже не было в живых Халела Габбасова, Жусипбека Аймауытова. Они были расстреляны в 1930–1931 годах в московских тюрьмах. Накип Тлеулин и Дуйсен Туйгумбеков скоропостижно скончались в «Бутырке», а Миржакип Дулатов умер в 1935 году в Соловках.
Таким образом, наступил тот самый «пятый период – период уничтожения оставшейся интеллигенции отсталой казахской нации», как об этом докладывал в Кремль Голощекин в своей секретной телеграмме 1928 года. В результате массовых репрессий 1930–1940 годов казахский народ лишился всей интеллектуальной элиты и наиболее активной и дееспособной части народа. В результате же искусственно организованного советской властью голода 1928–1933 годов народ Великой степи потерял более 60% своего населения. Так советская власть цинично, планомерно и последовательно произвела над казахским народом чудовищную отрицательную селекцию, прервав преемственность поколений, уничтожив основу генофонда нации и национальный код.